Vēsturiskie nosaukumi: Wirken, Wirkken, Würken, Würkenhoff. Izveidota 1520. gadā.
Kungu māja, 1915
1520. gadā, pēc Livonijas ordeņa mestra Valtera fon Pletenberga (Wolter von Plettenberg) lēmuma, vairāki zemes gabali tika izlēņoti Kudlinam (Kuddelen), kurš apvienojot šos zemes gabalus, ierīkoja muižu.
Par nākamajiem muižas īpašniekiem kļūst Dēnhofu ģimene (von Dönhoff) - pazīstama baltvāciešu ģimene: tēvs Gerhards Dēnhofs (Gerard von Dönhoff) bija Tērbatas (Tartu) gubernators (1598.gadā), savukārt, dēli - diplomāts un Polijas karaļa Zigismunda III Vāsas favorīts Kaspers Dēnhofs (Caspar von Dönhoff) bija Tērbatas (Tartu, tagadējā Igaunija) un Sierdzas (tagadējā Polija) gubernators, un Ernests Magnus Dēnhofs (Ernst Magnus von Dönhoff) bija kastelāns Pērnavā un Tartu.
17. gadsimta pirmajā pusē – Zviedru laikā (Zviedru Vidzeme (Svenska Livland) no 1629.gada līdz 1721.gadam) muiža nonāk fon Engelhartu ģimenes īpašumā.
Sākotnējais īpašnieks bija Zviedrijas armijas jātnieku leitnants, Vidzemes dižciltīgais Mihaels fon Engelharts (kuram piederēja arī Endzeles muiža), kurš muižu bija ieguvis kā dāvinājumu no Zviedrijas karaļa Gustava Ādolfa (Gustav II Adolf) pateicībā par uzticamu un ilggadēju kara dienestu. Velāk muižu mantoja viņa dēls, Zviedrijas armijas majors, baltvāciešu muižnieks Mihaels Johans fon Engelharts (Michael Johann von Engelhardt (1678.-1730.).
1690. gadā, balstoties uz Zviedrijas karaļa Kārļa XI (Karl XI) lēmumu, muižu reducēja (atņēma), bet drīz atkal tā tika restituēta (atdota).
18. gadsimtā Virķēnu muiža turpināja piederēt fon Engelhartu dzimtai, tai sekmīgi to apsaimniekojot.
No 1820. gada muižas vadība bija artilērijas leitnanta, asesora Antona Johana II fon Engelharta (Anton Johan II von Engelhardt: 1788.-1874.) un viņa sievas Sofijas Magdalēnas Helēnes fon Numersas (Sophie Magdalena Helene von Numers: 1787.-1848.) rokās.
Vēlāk Virķēnu muižu mantoja Antona Johana II dēls barons Karls Gustavs Georgs fon Engelharts (Karl Gustav Georg von Engelhardt: 1811.-1887.), kurš kopš 1850.gada bija precējies ar Evelīnu Katrīnu fon Engelharti (Eveline Katherine von Engelhardt: 1826.g.-1853.g.).
1820. gadā muižas teritorijā dzīvoja 324 iedzīvotāji (tai skaitā 154 vīrieši un 170 sievietes), savukārt, 1860. gadā, balstoties uz Rūjienas baznīcas konventa protokolu, Virķēnu muižā dzīvoja 249 iedzīvotāji.
1859. - 1861. gadā Virķēnu muižā par mājskolotāju barona Karla Gustava Georga fon Engelharta dēliem Karlam Antonam (Karl Anton von Engelhardt: 1851.-1923.) un Hermanam Gustavam (Hermann Gustav von Engelhardt: 1853.-1914.) strādāja jaunlatviešu kustības dalībnieks Jēkabs Zvaigznīte (1833.-1867.). Tieši laika posmā, kad viņš strādāja Virķēnu muižā, viņš bija arī līdzstrādnieks Jurim Alunānam, izdodot darbu „Sēta, Daba, Pasaule” (1860.gads), savukārt, uzreiz pēc tam (1862.gadā) kļuva par „Pēterburgas Avīžu” redakcijas locekli.
Karls Antons fon Engelharts 19. gadsimta 90. gadu sākumā uzsāka jaunās Kungu mājas (pils) būvniecību, savukārt viņa brālis Hermans Gustavs fon Engelharts devās studēt mākslu Vācijā un vēlāk kļuva par pazīstamu gleznotāju.
Pēdējais muižas īpašnieks Karls Antons fon Engelharts, kurš bijis saistīts ar Krievijas imperatoru Aleksandru II Romānovu, no 1895. gada dzīvojis ārzemēs (Vācijā un Austrijā) un muižu izrentējis savam krustdēlam vācu zemkopim Gustavam Bergsonam (Gustav Berkmann:1860.-1931.) par 300 rubļiem gadā. No 1895. - 1910. gadam Bergsons muižas otro stāvu izrentējis grāfam Treimanim no Sanktpēterburgas.
1920. gadā 704 ha lielo Virķēnu muižu pārņēma Latvijas valsts, ieskaitot to Valsts zemes fondā.
1921. gada 19. martā Virķēnu muižas centru piešķir Rūjienas Zemkopības biedrībai Rūjienas lauksaimniecības skolas ierīkošanai (no 20.gadu beigām Rūjienas lauksaimniecības un mājturības skola).
1936. gada 16. oktobrī Zemkopības biedrības likvidēšanas rezultātā, skola nonāk Lauksaimniecības kameras īpašumā.
Pēc tam visu laiku Virķēnu muižā ir bijušas profesionālās izglītības iestādes (Rūjienas tehniskā skola Nr.4 (1955.-1963.gads), Rūjienas pilsētas profesionāli tehniskā skola Nr.10 (1963.-1973.gads), Rūjienas tehniskā skola Nr.5 (1973.-1984.gads), 68.profesionāli tehniskā vidusskola (1984.-1988.gads), Virķēnu lauksaimniecības skola (1988.-1999.gads), Rūjienas arodģimnāzija (1999.-2006.gads)).
Kungu māja, 1925
Kungu māja, 1910
